De verwekker van de pest is een gramnegatieve, kleine, polymorfe, niet-beweeglijke staafvormige bacterie Yersinia pestis uit de familie Enterobacteriaceae van het geslacht Yersinia. De bacterie heeft een slijmkapsel en vormt geen sporen. Het is een facultatief anaeroob. De bacterie wordt gekleurd met bipolaire anilinekleurstoffen (intensiever aan de randen). Er zijn varianten van de pestbacterie die voorkomen bij ratten, marmotten, gophers, akkers en gerbils.