De klinische diagnose is alleen betrouwbaar bij lobaire pneumonie, maar de waarschijnlijkheid van pneumokokken als oorzaak van community-acquired pneumonie, otitis en sinusitis is 60-80°. De diagnose kan alleen worden bevestigd op basis van de resultaten van microbiologisch onderzoek van het betreffende biosubstraat: bij rhinitis - neusuitvloeiing (uitstrijkje), bij otitis en sinusitis - purulent exsudaat, bij pneumonie - sputum, bij meningitis - cerebrospinaal vocht.