De behandeling van een meningokokkeninfectie is afhankelijk van de klinische vorm van de ziekte. Bij nasofaryngitis is de behandeling symptomatisch. Indien de diagnose bacteriologisch wordt bevestigd, worden benzylpenicilline, ampicilline, cefalosporinen van de eerste en tweede generatie, chlooramfenicol en pefloxacine in gemiddelde therapeutische doses gedurende 3 dagen gebruikt. Co-trimoxazol en aminoglycosiden mogen niet worden gebruikt, aangezien de meeste bestaande meningokokkenstammen hier resistent tegen zijn.