Sommige vormen van auto-immuun hepatitis hebben geen duidelijk aanwijsbare oorzaak, terwijl andere verband houden met bekende stoffen zoals thieenzuur (een diureticum) of met ziekten zoals hepatitis C en D. Over het algemeen heeft auto-immuun hepatitis met onbekende oorzaak een dramatischer klinisch beeld, met hogere serumtransaminaseactiviteit en γ-globulinewaarden, leverhistologie die wijst op een hogere activiteit dan bij gevallen met bekende oorzaak, en een betere respons op corticosteroïdtherapie.