Pseudomembraneuze colitis ontwikkelt zich meestal onder invloed van langdurig gebruik van antibiotica zoals ampicilline, lincomycine, clindamycine en cefalosporinen, en minder vaak penicilline, erytromycine, chlooramfenicol en tetracycline. Clostridium difficile is een sporenvormende grampositieve anaërobe staaf die twee soorten exotoxinen kan produceren: toxine A en toxine B. Er zijn vier hoofdoorzaken van pseudomembraneuze colitis die verband houden met C. difficile.