De detectie van de ziekteverwekker is van cruciaal belang voor het bevestigen van de diagnose pneumocystose. Het belangrijkste materiaal voor het onderzoek is sputum, bronchiale secreties, spoelingen verkregen tijdens bronchiale lavage of bronchoalveolaire lavage, en stukjes longweefsel afgenomen tijdens transbronchiale, percutane of open biopsie. Vanwege de ernstige toestand van de patiënt worden deze manipulaties meestal niet uitgevoerd om complicaties te voorkomen.