De voorbereiding van de patiënt op een endoscopie kan enkele bijzonderheden met zich meebrengen, afhankelijk van de aard van het onderzoek (gepland of spoed) en de algemene toestand van de patiënt. Bij geplande endoscopieën mag de patiënt ten minste 4 uur voor het onderzoek niet eten.
Opgemerkt dient te worden dat een endoscopie absoluut gerechtvaardigd is als de patiënt een ziekte heeft die een direct levensbedreigende aandoening is. Gastroduodenoscopie dient daarom ook te worden uitgevoerd bij een patiënt met een myocardinfarct of acuut cerebrovasculair accident wanneer er gastro-intestinale bloedingen optreden, zowel om de oorzaak en de omvang van de bloeding vast te stellen als om deze te stoppen.
Maagendoscopie (EGDS, oesofagogastroduodenoscopie, gastroscopie) is een type endoscopisch onderzoek waarbij de twaalfvingerige darm, het maagslijmvlies en de slokdarm met behulp van een endoscoop worden onderzocht.