De meest voorkomende indicaties voor hoornvliestransplantatie zijn bulleuze keratopathie (pseudofake, Fuchs endotheeldystrofie, afake), keratoconus, re-weefseltransplantatie, keratitis (viraal, bacterieel, fungaal, Acanthamoeba, perforatie) en stromale hoornvliesdystrofieën.